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我国对农业转基因生物实行分阶段安全评价管理制度，按过程分为实验研究、中间试验、环境释放、生产性试验、申请安全证书等5个阶段。
研发单位向农业农村部提出申请，经国家农业转基因生物安全委员会安全性评价合格并审批后，才能获得农业转基因生物安全证书。国家农业转基因生物安全委员会每年至少召开两次评审会议，安全证书的评审结果在农业农村部网站“转基因权威关注”栏目公布。
农业转基因生物安全评价内容分为食用安全风险和环境安全风险。食用安全风险包括营养学评价、致敏性评价、毒理学评价以及可能的非预期效应；环境安全风险包括生存竞争能力评价、基因漂移的环境影响评价、生物多样性影响评价以及靶标害虫抗性风险评价。在具体评价过程中，依据转基因生物的用途，安全评价的侧重点不同。
中科院许智宏院士曾在科普讲坛上评价道“转基因农作物评定可以说是有史以来最严格的对农作物品种的评定，不仅要通过食品安全评价，还要通过环境安全评价等”。所有转基因作物上市前都会通过这一套非常严格的安全评价和审批程序，确保通过评价的产品与传统产品一样安全。
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